Ante la actual pandemia, la vigilancia genómica es clave en el seguimiento de las variantes del nuevo coronavirus que circulan entre la población mexicana, en especial para detectar a aquellas capaces de generar nuevas olas de contagios o afectar la eficacia de las vacunas.

En febrero de 2021, el Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGen-Mex) inició actividades con el fin de identificar en el país variantes del nuevo coronavirus que pudieran ser de interés para la salud pública. A la fecha, como parte de este proyecto financiado por el Conacyt, se han secuenciado 5 mil 304 muestras de personas diagnosticadas como positivas a covid-19 de los 32 estados de la república mexicana.

El Consorcio quedó integrado en un inicio por investigadores y especialistas de la Unidad de Genómica Avanzada (UGA-Langebio) del Cinvestav y de los institutos Mexicano del Seguro Social (IMSS), Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) y de Biotecnología de la UNAM (IBt-UNAM).

La información recabada ha permitido identificar la presencia en México de las cuatro variantes consideradas por la Organización Mundial de la Salud como de preocupación: alfa, detectada por primera vez en Reino Unido; beta, en Sudáfrica; gamma, en Brasil; y delta, en la India, explicó Alfredo Herrera Estrella, director de la UGA-Langebio del Cinvestav.

Hasta ahora, la variante alfa tiene presencia generalizada en el territorio mexicano, mientras que la gamma empieza a ser dominante en algunos estados, como Yucatán, Campeche y Quintana Roo. Además, se ha visto un incremento de la variante delta, cuyo primer registro en el país es del 21 de abril de 2021.

“Acerca de la variante denominada delta plus, la cual contiene una mutación en la proteína espiga que puede ayudarle a unirse mejor a las células humanas, si bien no ha sido reportada en México, es necesario seguir con la vigilancia genómica para poder detectarla a tiempo, en caso de que diversas autoridades sanitarias concluyan que es más contagiosa o agresiva en comparación a las demás variantes”, dijo Herrera Estrella.

De acuerdo con los datos del CoViGen-Mex también circulan variantes de interés, entre ellas las iota y épsilon, ambas documentadas en Estados Unidos en el 2020, y la kappa, identificada en octubre de ese mismo año en la India. En cuanto a la variante 1.1.519, descrita primero en México, hasta hace tres meses era la causante de 80 por ciento de las infecciones, aunque no se sabe por qué dominó entre la población del país.

Las muestras analizadas como parte de las actividades del Consorcio provienen de personas diagnosticadas como positivas a covid-19 de los 32 estados y son proporcionadas por el IMSS; la UGA-Langebio del Cinvestav, el INER y el IBt-UNAM se encargan de secuenciar en conjunto cerca de mil 200 genomas al mes.

Una vez recibidas las muestras se transforma el material genético del virus, en este caso el ácido ribonucleico (ARN) en ácido desoxirribonucleico (ADN), mediante el proceso de transcripción inversa.

Después se amplifican segmentos de este ADN, copias que cubren todo el genoma del virus (30 mil bases), estos son introducidos en un equipo para detectar el orden de las bases químicas que los constituyen. La información obtenida es comparada, a través de estrategias bioinformáticas, con la de plataformas internacionales, como GISAID y PANGOLIN, que contienen secuencias del nuevo coronavirus y sus variantes.

Adicional a la secuenciación e identificación de las variantes del nuevo coronavirus en México, se relaciona la información de los genomas con datos tanto geográficos como clínicos, y de manera semanal se le informa al Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) y a las autoridades de salud sobre los resultados.

Las secuencias obtenidas como parte del CoViGen-Mex son depositadas en la base GISAID y en esta página, en la que se incluyen las secuencias mexicanas generadas por otras instituciones del país.

Las actividades del Consorcio, que continuarán la vigilancia genómica del virus durante un año, se enmarcan en el Proyecto Nacional Estratégico de Investigación e Incidencia en Virología del Conacyt, y cuentan con el apoyo adicional de la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación de la Ciudad de México.

A este proyecto se han unido recientemente investigadores de las universidades Autónoma de San Luis Potosí y Autónoma de la Ciudad de México, de la Unidad Mazatlán del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo; en el caso del Cinvestav se incorporó Rosa María del Ángel, adscrita al Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular.